。经过数日的激战，大奉军队生擒葡军百人，斩杀四十人，缴获战船两艘及先进火炮“佛郎机”。这场胜利，极大地鼓舞了大奉军民的士气。永昌十七年五月，大奉军队开始全面反击，在稍州之战中取得大捷，葡萄牙人入侵广东的计划彻底失败。
然而，东南沿海的倭患却愈演愈烈。永昌十七年六月，倭寇宣布复辟，他们聚集了大量的兵力，对沿海地区发动了更加猛烈的进攻。马正德得知后，震怒不已。他想起了开国功臣蓝玉，蓝玉当年曾率军大破北元，威震天下。如今，蓝玉的后人蓝莨继承了先祖的勇猛，马正德决定让蓝莨率领十万水军出征，剿灭倭寇。
永昌十七年九月，蓝莨率领水军浩浩荡荡地驶向东南沿海。这场战争一打就是三个月。蓝莨凭借着出色的军事指挥才能，与倭寇展开了殊死搏斗。他利用大奉水军的优势，多次击败倭寇的进攻。
永昌十七年十二月，蓝莨终于率领大军彻底剿灭了倭寇，倭寇日笨族被彻底绝种。这场胜利，让大奉朝的东南沿海恢复了平静，也让马正德的威望达到了顶峰。
然而，内忧并未因此平息。
永昌十八年五月，大奉朝巡抚张文锦强令边军迁驻孤悬塞外的五堡。五堡地处偏远，条件艰苦，边军将士们早已怨声载道。张文锦的这一命令，如同导火索，瞬间点燃了边军的怒火。
永昌十八年六月，变兵杀死了参将贾鉴、巡抚张文锦，一度控制了大同府。朝廷得知后，大惊失色，连忙派蔡天祐率军平乱。蔡天祐采取了恩威并施的策略，一方面对变兵进行安抚，另一方面则擒杀了首恶郭鉴等人。然而，余党并未完全肃清，这场兵变一直持续到次年才彻底平定。
一波未平，一波又起。
永昌十八年七月，蔡猛三聚众数万人攻掠新宁、思平等地。蔡猛三原本是当地的一个恶霸，他利用百姓对官府的不满，煽动叛乱。两广总督张嵿迅速率军镇压，经过数月的战斗，张嵿率军破寨200余，捕杀1.4万，俘5900余人，蔡猛三最终投降。
与此同时，各地的民变与刑事案件也层出不穷。
永昌十八年八月，处州洪铜山矿工500余人占据梓树坞盗矿。这些矿工因不堪官府的剥削，被迫走上了盗矿的道路。遂安县令胡仲谟得知后，率军围剿，剿杀20名首领后，矿工们溃散而逃。
永昌十八年九月，徽州工匠江义因首次盗牛被判徒刑刺臂，然而，这次惩罚并未让他改过自新，反而让他更加仇视社会。在接下来的日子里，他又连续
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