NERV总部的混乱在持续升级。
初号机引发的神化能量冲击如同持续不断的地震波，反覆蹂着这座深埋地下的庞大建筑。
部分区域的照明系统彻底失效，陷入一片黑暗，只有应急灯和火光在摇曳。
空气中弥漫着刺鼻的臭氧味、金属摩擦的焦糊味以及淡淡的血腥味。
惊慌失措的工作人员在通道中奔跑呼喊，试图寻找安全的避难所，或是赶往关键的岗位，但很多通道已经被掉落的构件或扭曲的金属封死。
中央教条区方向传来的异响越来越密集，仿佛有什麽东西正在那最深层苏醒、挣扎。
源自莉莉丝本体的、浩瀚而压抑的灵压，如同潮水般一波波扩散开来，与初号机散发出的神性能量相互碰撞、交织，使得整个总部的空间都呈现出一种不稳定的扭曲感。
指挥中心虽然受损严重，但核心系统在赤木律子等人的奋力维持下仍在勉强运作。
主屏幕上分割出数个画面，分别是散发着金色光芒、头顶光环的初号机，挣扎着从废墟中站起的漆黑六号机，以及依旧保持着战斗姿态、但显得孤立无援的白色三号机。
二号机的信号依旧微弱，显然真希波和机体都尚未从之前的重创中恢复。
「三号机，报告情况！」葛城美里强压下心中的惊涛骇浪，试图重新建立对局面的掌控。
「初号机————完全无法靠近！力场强度太高了！六号机那边————它好像又把目标锁定了初号机！」明日香的声音带着喘息和紧张。
她驾驶三号机在狂暴的能量乱流中艰难地维持着平衡，既要躲避初号机无意识散发出的力场碾压，又要警惕六号机的动向。
碇源堂下达的「阻止六号机、控制初号机」的命令，在目前的情况下几乎无法执行。
初号机如同一个不断膨胀的能量漩涡，靠近都极其困难，更遑论控制。
而六号机，在从废墟中站起後，其暗红色的光学镜再次锁定了神化的初号机，似乎将之视为了新的、必须清除的目标。
EELE的监控室内，那块巨大的石碑屏幕上，元老们如同鬼魅般的身影似乎也因这突如其来的变故而产生了些许波动。
基路·洛伦兹那经过处理的、非人的声音在加密频道中响起，带着一丝不易察觉的愠怒：「偏离————剧本出现了不可接受的偏离。碇源堂，你需要解释。」
碇源堂通过独立的通讯线路回应，声音依旧听不出情绪
…。。