秦兵和白杆兵联军施巧计诱敌深入，在五峰山大破水西叛军。叛酋安邦彦和奢崇明当场殒命，五万多叛军阵亡二万，被俘二万多，只有数千人因为尚未进入伏击圈而侥幸逃脱。
接下来秦兵乘胜追击，而叛军群龙无首，无心恋战，直接放弃毕节向东遁走，秦兵遂顺利收复毕节。
三天之后，朝廷接到秦兵的飞鸽传书，自是一片欢欣鼓舞。自从万历末年在萨尔浒惨败，明军就好像丢了魂一般，溃败、惨败已成家常便饭。此次西南叛乱，有不少官员从内心里已经觉得贵州恐怕要和辽东一样，朝廷将永远失去对那里的控制。
没想到皇帝只派出一万军队，仅仅用了两个多月时间，就在重庆、成都、永宁、毕节连战连捷，歼灭叛军主力，阵斩贼酋，西南叛乱已经接近平定！一时之间，对皇帝的赞誉之声鹊起，即使是平常总与朱由检对着干的那些东林系官员，也纷纷发自内心地上疏颂圣，并请求朱由检对领兵作战的李定国和李来亨大加封赏。
朱由检当然也非常高兴。当初他决意先对西南用兵，遭到很多大臣的反对，认为西南叛军不如后金和流贼对朝廷的威胁更大。如果朱由检当时没有坚持己见，恐怕成都、贵阳等地如今已经陷落，连带着云南也失去联系，对本已危机四伏的大明帝国而言，岂不是火上浇油！现在西南已经基本平定，朱由检就可以专心致志地对付后金和流贼了。毕竟，两个敌人总是比三个敌人要好对付一些。
不过他可没功夫庆祝，因为有很多现实问题还需要解决。首先，贵州尚未完全平定，还有不少残余土兵分布在崇山峻岭之中；其次，兵灾过后民不聊生，如何安抚当地百姓，是一个比平定叛乱更为棘手的问题；第三，也是朱由检一直揪心的，就是秦兵必须立即班师。因为自从得知后金军大败林丹汗后，朱由检就明白，皇太极的进犯已经是迫在眉睫了。
对于贵州残敌，很多官员主张李定国和李来亨继续追剿。在正常情况下确实应该如此，因为秦兵挟大胜之威，又有对叛军丰富的作战经验，理应一鼓作气，将叛军彻底消灭。
但朱由检考虑再三，还是决定立即把秦兵调回。这么做理由有三：第一，叛军主力已被消灭，安邦彦和奢崇明已死，剩下的只是虾兵蟹将，不会再兴起太大风浪。而要把他们彻底剿灭，就必须在贵州的崇山峻岭中层层推进，至少也需要一年以上的时间。而后金入寇在即，朱由检不能把这样一支精锐部队，浪费在这种无关紧要的战场上。
第二，秦兵虽然骁勇善战，然而
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