林俊驻守江津，时源驻守泸州，自己驻守成都，都御史王纶驻守重庆。并檄副使何珊、都指挥邹庆率兵由合江进攻。东宫六率一部由江津进攻，形成夹击攻势。
九月，叛军进攻江津，恰逢成都援军抵达，明军合力抵御成功，并追叛军到合小坪，当场击毙装神弄鬼的曹道士。此后叛军以八千人再次袭击江津，林俊、李钺率领酉阳、播州、石砫等部队，从三道迎击获胜，并追叛军到高观山。
林俊见叛军占据着险要的地形，士气正盛，便遣降将周大富入营招抚。方四伪令李廷茂出降，自己仍不投降。林俊知道叛军首领曹甫等皆是仁寿人，派人抵达仁寿，将首领家属带入营招降。曹甫和方四等人杀死自己族人，仍然不归降。明军于是开始强攻，并斩杀曹甫、任胡子等，追杀三十余里，斩首一千八百余级，生擒方四妻妾，俘获男妇三千四百余人。此时，另一股白莲教叛军抵达贵州，并再次聚集力量，抢劫南川等县，之后成功突围的方四率领残部从南川进攻綦江，被佥事马昊击退，叛军奔至婺川退散。方四改名逃跑，被开县义官李清逮捕报官。
十一月，汉中廖麻子、喻思俸，内江骆松祥，崇庆范藻等分别进犯州县。洪钟无法各自攻破，被御史王纶弹劾“纵寇殃民”，遂被皇太子朱载康当场罢职，并押赴京城受审。朱载康命右都御史彭泽总制军务，同总兵时源征讨残匪。正德二十五年二月，巡抚四川右都御史高崇熙因勾连白莲教匪，贪赃枉法，被廉政公署逮捕入狱。
皇太子改以右佥都御史马昊巡抚四川。四月，彭泽、时源所率领川陕野战军开始化整为零，以小分队对小分队的形式进行剿匪，利用无线电的优势，进攻盘踞在汉中白莲教匪廖麻子获胜，时源见效果如此之好，干脆从各部队挑选精兵强将，组成精干小分队分兵逐一追捕四处流窜的叛匪；很快就将汉中清理一空。之后大军迅速转进，迅速移兵到内江讨伐最后一大股流窜作乱的叛军骆松祥，并成功在三个月内平定该股叛军。
截止到正德二十五年十月，持续三年之久，是以为山高皇帝远，道路险要，由四川官场集体腐败导致的白莲教叛乱才终于完全平息。朝中文武大臣也从皇太子的表现上看到了未来的希望。正德二十六年四，彭泽、林俊、时源和马昊等四川文官恭送太子回京。本来太子打算在成都待到今年年底的，等这里完全平定以后才回去。但昨天晚上朱载康接到电报，皇帝催促他马上回京，具体的原因没有讲。
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正德二十六年（1535年）五月，农历五月下
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