论你信仰哪一种宗教，前提是你必须热爱你的祖国，任何人想利用宗教来破坏大明帝国的安定团结，必将受到朝廷的严厉打击。他要求这些回教领导人必须在教徒中宣扬国民意识，为大明帝国的民族和谐做贡献。
朱厚炜强调：大明帝国是由汉族为主，众多民族组成的一个多民族国家，在这个国家，任何民族之间是平等的，没有任何一个民族，一种宗教可以凌驾在国家之上。
不过，齐王朱厚炜这段在长安的讲话引起那些真主教原教旨主义的不满，一些人蠢蠢欲动。再加上大明帝国在中东全力扶持信仰拜火教的波斯王国，因此波斯王国和原时空相比实力强大，完全可以跟奥斯曼帝国抗衡。
正因为波斯有力地抵御住了奥斯曼帝国进攻，遏制住奥斯曼帝国向东方的扩张，也打断了真主教向中亚地区继续扩长，奥斯曼帝国的苏丹对大明那是恨之入骨，可实力不如人，却又无可奈何。
可是情况又发生了变化，上世纪中叶，随着大明帝国的西部大开发如火如荼的进行，大批的汉民涌入了草原，与这些真主的教徒杂居在一起。这些汉民的到来加快了西部的大开发，同时提升了草原上的经济水平。但也不可避免的带来了一些矛盾，尤其是风俗习俗和宗教意识方面的冲突日益增加。
与此同时，由于铁路的修通导致路上的丝绸之路变得更加的顺畅，因此，大明帝国和中东地区的阿拉伯世界交往和联系更加密切。一些残存在西域的白莲教徒为了逃避打击，也逃到了国外，很多人投靠了奥斯曼帝国。
奥斯曼的苏丹利用这些大明的叛乱分子，趁机加强了原教旨主义向大明渗透。奥斯曼帝国信仰的真主教是在原《古兰经》的基础上进行了一定的修改，也被称作新教，随着时间的推移，在这伙内奸的帮助下，一些奥斯曼间谍潜入西域，渐渐的在西域地区有了一部分原教旨主义的信徒。到了上世纪八十年代末，面对着波斯王国的压力，奥斯曼情报人员开始鼓动新教信徒夺取宗教管辖权。
1590年，西域爆发了回回叛乱，这些信教徒先在西域各城市和农村做乱，他们带着弯刀和火枪疯狂的打砸商铺，屠杀落单的汉民，妄图激化汉族和回族之间的矛盾，挑起更大的叛乱。
但是，这些暴徒很快就遭到了汉民的反击，因为在西域，所有的汉民都是武装民兵，人人都配发则精良的武器。因此，这些疯狂的新教徒遭到了汉民无情的反击。与此同时，朝廷凭借着强大的武力很快扑灭了一些趁机叛乱的部落，并将这些原教旨主义者绳之以法
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