但是碇真嗣不想出站，美里拉着碇真嗣来到了最底层，这里封印着第二使徒莉莉丝。
美里说如果其它使徒抵达这里就会引发第三次冲击人类会灭亡。
只有你可以拯救人类，如果碇真嗣失败了所有人都会死。
所以碇真嗣不是一个人在承担风险大家会跟你一起面对。
最后碇真嗣同意驾驶初号机，因为同步几率比较高，碇真嗣驾驶初号机担任炮手。
而绫波丽的零号机为防御。
作战开始的前夜，碇真嗣询问绫波丽自已会死吗？
绫波丽说不会，因为我会保护你。
全城市为了启动武器而停电，待机时碇真嗣问凌波为什么要开EVA。
绫波丽说是为了和大家的羁绊，除此之外自已一无所有。
说完，绫波丽站起阿里对他说了再见。
作战开始，美里智慧队伍进行佯攻吸引使徒的注意力。使徒的光束轻易摧毁了战斗机。
而炮火又被AT立场格挡。
初号机埋伏在远处瞄准了使徒，所有城市的电力汇聚在狙击炮上，一炮贯穿了AT立场。
但是对方很快就修复好了，并且对着初号机的方向开始发射光束。
融化了大半座山，所幸EVA和狙击炮号发巫山。
碇真嗣在巨大心理压力下差点哭了出来，在他重新握住操纵杆回到了聚集点，距离第二次充电还需要一点时间。
使徒很快发现了初号机，继续朝着初号机的方向攻击。
而这个时候绫波丽开着出号拿着盾牌挡在初号机面前。
但是充电完成之前，盾牌就支撑不住了。
零号机失去了盾牌依然站在那里，充电终于完成，碇真嗣立刻扣动扳机，这一次成功打碎了使徒的核心将其击杀。
而零号机已经伤痕累累，碇真嗣操控初号机拆掉了零号机的北部装甲，将门打开以后徒手打开了里面。
终于见到绫波丽。
碇真嗣说不要再说自已一无所有了，分别时候也不要说再见这样的话。
然后他忍不住哭了起来。
绫波丽不知道碇真嗣为什么会哭。
她对碇真嗣说对不起我不知道这个回收该用什么表情。
碇真嗣说只要微笑就行了。
绫波丽略微有些惊讶，露出了微笑，向他伸出手。
使徒终于再次被组织，而就在此时，月球上一个
…。。