白发少年醒来了，他看着天空准备出发去寻找碇真嗣。
美里和赤木博士来到了D失参加发布会。
这次发布会的目的要召示展示会最新研发的东西。
发布会上主持者提到JA是内置引擎，可以保证持续150天的作战。
由远程人为操控，不需要驾驶员。
博士对安全性提出质疑，主持者表示五分钟的行动时间要安全得多。
随后主持者开始JA的启动试验在指挥中心的操控下，JA开始狐啊怒汉前进，但是没过多久JA体内的反应堆上是哪个，并且朝着指挥中心而来。
主持者下令切断动力系统，信号被拒绝接受。
JA开始变的无法控制它踩碎了指挥中心的屋顶一路朝着前方走去。
美里向NERV放松冷清秋紧急地将碇真嗣和初号机运送到现场。
同时美里本人也换上作战服，他准备前往JA内部手动将其停止。
主持者告诉美里，停止持续的密码就是希望。
初号机抓住美里，和追上了行进的JA并且顺利将美里送入JA内部。
之后初号机来到JA面前拦住她。
但是在输入密码程序以后却提示错误，美里面意识到程序已经被人改动过了。
动力堆距离临界点还差一点，美里决定放手一搏手动使用了控制棒。
最后危机解除。
碇真嗣说她创造奇迹。
但是美里说奇迹是早就准备好的。
美里带着碇真嗣和阿东等人来到上面，之后他们遇到了EVA二号机的驾驶员明日香。
美里早就认识她，并介绍给了碇真嗣。
这次任务就是护送EVA回到D市，舰长有些琼爱不起EVA称为人偶偶并且拒绝蓝卡请求。
这个时候一个叫阿良的人走了进来。
原来阿良是美里的前男友，他的任务是陪伴明日香一起回去。
明日香找到碇真嗣，带他穿了红色的二号机。
她成零号机和出号只是原型机和实验机体，二号机才是为石渣能制造但
这个时候又有试图来袭，舰长组织反击，但是常规武器无效。
明日香带着碇真嗣换上了自已的作战服。
要求他陪伴自已一起进入，试图从水下攻击过来，而此时二号机只可以支持一分钟。
明日香跳到外面接通电源然后掏出离子刀，使徒
…。。