大清统治者惊呼：“现甘肃之平凉、静宁、隆德、安定省南之巩昌、秦州、伏羌、清水省北之宁夏、平罗、灵州、固原莫不揭竿而起蜂屯蚁聚滋蔓难图绵延地方数千里”
多隆阿准备由秦度陇镇压甘肃回民起义他为了解除西征时后顾之忧企图迅速攻下由蓝朝柱起义军固守陕西盩厔3月3日多隆阿亲自指挥攻城时为起义军击伤头部不久死去清军丧失了主帅不能锐意西进
1864年5月、6月间清王朝调福建水师提督杨岳斌充任陕甘总督“专讨”甘肃回民军
同年7月太平天国天京陷落后大清把镇压太平军清军抽调到西北來镇压回民起义军以致“甘省一隅之地而统兵大员专折言事者已至八员之多”兵勇则达七八万人
但这些统兵将领派系不一各自为政意见分歧且他们深恐与回民军硬拚胜败难保“不如击之使走捷报频闻可为幸功邀赏之地”
所以清军虽曾攻陷回民军占领固原、盐茶厅、平凉等地而起义军实力却未受到大损失陕西、甘肃回民军互相配合采用避实趋虚、飘忽靡常游动战法仍打了不少胜仗
回民起义军不断向清军进攻使其文报梗塞粮饷奇绌省城兰州处于孤立地位清王朝甘肃统治力量处于风雨飘摇之中
以致陕甘总督杨岳斌奏折中哀叹：“现河狄之贼扰于南平固之贼扰于东宁灵之贼扰于北凉肃之贼扰于西几于剿不胜剿防不胜防臣若株守省垣则饥军终虞坐困；若出省剿办则根本时虞动摇外察赋势内度兵力实属不敷分拨”
同年11月捻军首领张宗禹按照“前进甘陕连结回众”以成犄角之势战略思想率西捻军三万余众自河南进入陕西华阴、渭南境内清廷害怕回民军与西捻军联合急令湘军援陕
提督刘松山统老湘军十八营由河南前往一面奏调防守中卫穆图善部移驻甘陕交界泾州防止回捻合势一面率三十营清军从陕西西部陇州、邠州一带东下专力攻捻
回民军与西捻军虽然各自为战但仍时离时合一定程度上起到了战略上相互配合作用
甘肃回民军不断发展过程中逐渐形成了四个反清斗争中心：
一个是马化龙领导以金积堡为中心包括宁夏府和陇东内起义地区
一个是马占鳌领导以河州为中心回、撒拉、东乡族起义地区
一个是先后由马文义、马桂源和马本源领导以西宁为中心起义地区
一个是马文禄领导以肃州为中心起义地区
陇东董志原则是陕西回民军根据地
由于
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