1938年）春，临时大学迁至云南蒙自，后再迁昆明，成立国立西南联合大学。陈寅恪随校辗转，条件极其艰苦。物价飞涨，物资匮乏，他的眼疾因缺乏有效治疗和过度劳累而日益严重，右眼已近失明，左眼视力也大幅下降。学校在昆明郊外租赁的农舍简陋潮湿，但他安之若素，将大部分时间投入教学与研究。
这时期，他开设了“魏晋南北朝史”、“隋唐史”、“佛经翻译文学”等课程。课堂常设在一间透风的土坯房里，桌椅残缺，学生挤坐。陈寅恪身着洗得发白的旧长衫，面容清癯，但一站上讲台，便神采焕发，声音不高，却清晰有力，引经据典，剖析毫芒，将纷繁复杂的历史脉络、制度变迁、文化交融，梳理得条理分明，深刻独到。尽管视力障碍使他阅读写作极度困难，需助手帮忙念资料、抄笔记，但他凭借惊人的记忆力和深邃的思考，依然保持了学术产出的高质量。
一日，课后，几位学生围拢过来请教。一位来自北平的学生，神色黯然地说：“陈先生，家父来信，北平沦陷区日伪推行‘奴化教育’，强迫学校改用日语课本，篡改历史，许多师长或隐退，或南迁。文化之劫，恐不亚于兵火。我们在此求学，远离前线，有时深感无力。”
陈寅恪沉默片刻，缓缓道：“你们可知，先父散原老人，便是因北平沦陷，不愿受辱，绝食而逝的。”
学生们肃然，面露悲愤与敬意。
陈寅恪继续道：“先父以死殉国，是士人气节之极致。然气节之表现，非止一途。日寇所欲亡者，非仅中国之土地、政权，更是中国之文化、中国之精神。他们篡改历史，推行奴化，正是要断绝我民族文化之根脉，使我子孙数典忘祖，成为其精神奴隶。抵抗此事，战场之外，尚有课堂，尚有书斋。你们今日在此，潜心学习真正之中国历史、中国文化，理解其源流、特质与价值，将来以所学贡献于国家建设、文化复兴，这便是最根本、最持久之抵抗。纵使一时国土沦丧，只要文化精神不灭，民族便不会亡。”
他顿了顿，声音更加坚定：“我研究历史，常思一问题：何以中国历数千年，屡经外患内乱，而文明始终延续不绝？其中关键，便在于文化之韧性与包容力，在于历代士人对于文化命脉之自觉承当。今日之难，空前惨烈，然道理相通。我们这些读书人，能做的或许有限，但守住学术之真、文化之正、精神之纯，使真理不泯，斯文不绝，便是对先辈牺牲之告慰，对未来希望之铺垫。此中意义，或许要待数十年后，方看得更清。”
学生们听
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