澜入翰林院，却因多次上疏请求保护“金陵龙脉古迹”遭贬斥。陈砚秋东渡日本，习博物学，试图用西洋科学解释那夜的异象。
时光流转至光绪二十年，甲午海战爆发。
三人重聚南京时，沈墨斋已散尽家财，在栖霞山建“珊瑚楼”，终日临摹记忆中的琪花。陆文澜因弹劾李鸿章被革职，咳血成疾。陈砚秋带回相机，却拍不到珊瑚树——胶片上只有一团白雾。
“该来的总要来。”沈墨斋打开密室，里面竟移植了一株三尺高的珊瑚幼苗，“我用祖传玉佩与珊瑚树交换的——妙瑛的转世线索。”
幼苗突然开花，花蕊中浮现影像：光绪八年三月三，桃叶渡卖珊瑚的童子，手腕有朱砂痣。
“是了！”陈砚秋击掌，“那童子如今应是二十四岁青年！”
三人再访桃叶渡，果然找到手腕有痣的船夫阿明。他说自幼被卖，只记得生母是扬州歌伎，留给他的遗物是半块玉佩。
当阿明取出玉佩的刹那，沈墨斋怀中半块与之严丝合缝。更奇的是，合并的玉佩映射月光，在墙上显出地图——标记着另一处珊瑚树的位置。
六、连理枝
他们按图索骥，竟找到孝陵卫军营地下密室。
推开石门，眼前景象令人窒息：那株珊瑚母树非但未毁，反而生长得更加茂盛，枝柯贯穿整个地下溶洞，琪花光芒中，隐约可见许多人形光影在枝叶间流转。
“这是…”陆文澜触摸光影，指尖传来无数记忆碎片。
原来珊瑚树能吸收靠近者的执念，凝结成“记忆果实”。他们看见：明末遗民在此祭拜、太平天国将士在此藏身、甚至还有洋教士在此祈祷。所有记忆都围绕着同一个核心——那具水晶棺椁。
棺盖竟已开启，内中空无一物。
沈墨斋跪在棺前，发现棺底有新刻小字：
君寻我三生，我候君百载。然人鬼殊途，纵相逢应不识。今借珊瑚树之力，化入龙脉，镇守山河。望君珍重今生，勿再执迷。
署名“妙瑛”，日期竟是“光绪八年三月三亥时三刻”——正是他们初遇珊瑚树的那一夜。
“她一直在等我们。”陈砚秋声音发颤，“等我们到来，她才能完成使命，化入龙脉。”
陆文澜忽然剧烈咳嗽，血溅在珊瑚枝上。那截枝干瞬间开花，花中映出的竟是陆文澜前世的片段：他是崇祯朝翰林，甲申年殉国前，亲手将皇帝手稿封入珊瑚盆景。
“原来如此…”陆文澜
…。。