流传、作者署名为“西山野客”的小册子《问古》，言辞更为犀利。书中不仅质疑汉代以来“天人感应”、“谶纬神学”的虚妄，甚至对儒家经典中某些涉及天道、性命、鬼神的内容，也提出了基于常识和理性（虽然还很朴素）的疑问。书中写道：“圣人亦人，其所言所行，固为万世法，然岂能字字珠玑，句句合乎万世之情？三代之制，适于三代，岂能一成不变以绳今世？今格物院以实测验算，可知风雨雷电非关天神震怒，农桑丰歉系于人力天时。则治国安邦，亦当求实理，察实情，行实事，岂可一味泥古，空谈仁义？”
这种带有朴素理性主义和实用主义色彩的思考，虽然零星、隐晦，且面临巨大的正统压力，但其出现本身，就预示着思想领域的坚冰正在出现裂痕。
第三，是伴随着工商业发展和对外交流而来的、对“本末”、“义利”、“华夷”等传统观念的冲击。
一些为工商业辩护、强调“通商惠工，富国强兵”的言论开始增多。扬州一位与海商关系密切的文人，化名“海客谈瀛”，在私下流传的文稿中，详细记述了海外诸国的物产、风俗、制度，并大胆提出：“天朝物产丰盈，原不籍外夷货物以通有无。然有无相通，则两利；闭关自守，则两损。市舶之利，可充国库；异域奇技，可资我用。昔赵武灵王胡服骑射而强赵，今岂可固步自封，以天朝自矜，而鄙四方为蛮貊？” 这种强调交流、务实求利的观点，在东南沿海的商人、工匠和部分地方官员中，颇有市场。
关于“义利之辨”，也不再是“君子喻于义，小人喻于利”的简单二分。有士人在文章中为合理的“利”正名，认为“君子爱财，取之有道，但使利己而不损人，利私而亦利公，何害于义？若空谈仁义，而民困国贫，仁义焉附？” 这种思想，与朝廷鼓励工商、讲求实效的政策隐隐相合，但也触动了儒家传统重义轻利的道德神经。
第四，一种朦胧的、对更平等社会关系的向往，也开始在个别激进的作品中闪现。
一本在蜀中地下流传极广、作者佚名的话本小说《浮世镜》，以市井人物为主角，辛辣地讽刺了权贵的奢靡、官吏的腐败、士绅的虚伪。书中借一位侠盗之口说出：“朱门酒肉臭，路有冻死骨。王侯将相，宁有种乎？这世道，不过是一袭锦绣，遮盖了满地的虱子！” 虽然故事背景设定在前朝，但其现实指向性，读者心知肚明。此书文笔生动，情节跌宕，在市井中极受欢迎，也让官府颇为头痛，查禁数次，却屡禁不止。
在“格物院”和受其
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