影响的年轻学子中，一种基于“万物有法，格物致知”理念的新世界观正在萌芽。他们开始用观察、实验、推理的方法看待自然现象，对许多被视为当然的“天理”、“旧俗”提出疑问。虽然尚未形成系统的科学哲学，但这种重实证、轻虚谈、讲效用的风气，与占据主流的经学思辨传统格格不入，却吸引了一批热衷于探求“实学”的年轻人。
这些纷繁复杂、甚至彼此矛盾的新思潮，并非有组织的运动，它们散落在各种“时论策”、私人著述、地下小册子、话本小说、乃至茶馆酒肆的辩论之中。但它们共同构成了一股越来越清晰的、躁动不安的思想潜流。 它们的出现和传播，得益于相对低廉的印刷成本和初步成型的传播网络。它们的作者和拥护者，大多是非主流的知识分子、下层官吏、商人、工匠甚至失意文人，他们不再满足于仅仅接受和背诵经典教条，开始尝试用自己的眼睛观察世界，用自己的头脑思考问题，并勇敢地（尽管常常是隐晦地）表达出来。
这股潜流，让许多习惯了思想一统、万马齐喑的士大夫感到了深深的不安。国子监祭酒孔颖达（此为虚构人物，代表正统大儒）在一次私下的聚会中，痛心疾首地对门生说：“印刷便捷，而邪说横行；典籍易得，而人心不古。彼等竖子，略识之无，便敢妄议圣贤，非薄经典，甚而质疑伦常，鼓吹异端。长此以往，圣学衰微，人心涣散，礼崩乐坏，可立而待也！”
而另一方面，武则天和李瑾，则怀着更为复杂的心情，注视着这一切。他们乐见思想活跃带来的活力，这有助于打破世家大族对文化解释权的垄断，为改革提供舆论支持和人才储备。格物院的新学、鼓励工商的言论、乃至一些不触及根本的批评，都在某种程度上符合他们的利益。但与此同时，他们对那些质疑君臣大义、动摇儒家根本伦理、甚至隐含煽动平等诉求的激进思想，保持着高度的警惕。
“思潮已动，如地泉奔涌，堵之则溃，疏之则漫。” 李瑾在御前与狄仁杰、新任礼部尚书等重臣议事时，沉声说道，“朝廷当有定力，亦需有智慧。于国有利、于民有益之新思，当鼓励引导，如格物致用之学，如通商富民之论。于法无害、于世道人心无大碍之异见，可容其存，辩其是非。然，若有敢倡言乱制、毁弃纲常、煽惑人心、图谋不轨者，” 他语气转冷，斩钉截铁，“则必以雷霆手段，坚决扑灭，绝不容情！ 眼下，当务之急是尽快确立‘出版律法’，厘清边界，使作者、刊印者、传播者皆知所避就。同时，朝廷亦需主动发声，以正理、实事，占领这新
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